בסוף מאי 2011 הודיעה מצרים על פתיחת מעבר רפיח באופן קבוע לכלל תושבי עזה הנושאים דרכון ותעודת זהות פלסטינית. לפי הכללים החדשים המעבר אמור לפעול יומיום, למעט יום שישי; מעברם של גברים בני 18 עד 40 ברפיח יאושר רק למחזיקים בדרכון או תושבות זרים, או באשרת כניסה למדינה שלישית, לחולים המבקשים טיפול רפואי במצרים, או לסטודנטים הלומדים בחו”ל; שאר הגברים בגילאים אלה חייבים בתיאום מיוחד עם מצרים כדי לעבור ברפיח. גם כיום, פלסטיני תושב עזה המבקש לנוע דרך רפיח נדרש להחזיק בתעודת זהות פלסטינית המאושרת על-ידי ישראל, והאיסור על ייבוא דרך רפיח עומד בעינו.
לאחר מספר ימים בהם פעל המעבר על פי הכללים החדשים, חלו ב-31 במאי עיכובים ארוכים במעבר נוסעים ברפיח. למחרת הודיעה מצרים על הגבלות נוספות במעבר: מספר היוצאים למצרים יוגבל ל-400 ליום, שמות העוברים יועברו למצרים מראש על ידי הרשויות הפלסטיניות, מצרים רשאית לסרב למעבר נוסעים לשטחה, וחולים חייבים לעבור בדיקה של הוועדה הרפואית המצרית במעבר רפיח.
ב-4 ביוני עיכבו רשויות המעבר המצריות את הנוסעים הפלסטינים ללא הודעה מוקדמת, לטענתן עקב ביצוע עבודות במעבר. כמחאה, סגרו למחרת רשויות המעבר הפלסטיניות את מעבר רפיח למשך שלושה ימים. ב-8 ליוני חזר המעבר לפעול כרגיל.